結論から言うと、貴方が改造箇所を把握していない以上
描画に関するコモンをデフォルトのものに入れ替えて
一から改造しなおした方が早いと思います。
（改造したものとそうでないものを見比べて、改造箇所を把握するのも良いでしょう）
基本システムでは基準となる座標を算出し、
（コモン174「X[戦]味方欄_座標算出」、コモン175「X[戦]敵キャラ_座標算出」）
その座標を元に各種描画を行っています。
ここで算出される座標を変更してしまうと、これ以外の単体描画関係のコモン全てを改造する必要が出てきます。
関係する描画関係のコモンは
コモン178「X[戦]味方欄_単体描画」
コモン179「X[戦]敵キャラ_単体描画」
コモン181「X[戦]ダメージ・回復ポップアップ」
コモン183「X[戦]技能エフェクト描画」
です。
このうち「X[戦]ダメージ・回復ポップアップ」は敵味方の区別なく、
基準となる座標に対しポップアップを表示するコモンです。
敵味方の判別が出来ないため「敵の場合だけ座標をずらす」といった動作は出来ません。
（一応、本来ならY座標を調べて一定値以上/以下で敵味方を判別するという力技も可能ですが）
そのため、今のうりさんのように敵味方の基準座標がずれた状態では
どうやっても正常な表示は不可能となります。
（このコモンが呼び出される直前に敵味方を区別して座標を一時的に修正する、と言う方法もないわけではないですが
予期しない場所で呼び出されればズレてしまう危険が残ります）
とりあえず、コモン175「X[戦]敵キャラ_座標算出」とコモン181「X[戦]ダメージ・回復ポップアップ」は
デフォルトのものと入れ替えることをお勧めします。
