説明より推測すると下記のような原因だと思います。
(1) ["X[移]キャラ欄_全員描画"] <コモンEv 92> を実行
(この時点で 可変DB「基本システム用変数」に 右下のキャラ欄の座標が保存されている)
(2) 状態異常を回復したキャラの座標を ["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> で算出
(3) 状態異常を回復したキャラのキャラ欄を ["X[移]キャラクター欄描画"] <コモンEv 90> で表示
の順でコモンを呼び出す必要があるが
(2)を実行しないまま(3)を実行したのでキャラ欄が右下に表示された。
装備品経由で技能を発動した場合、
["X[移]技能使用効果処理"] <コモンEv 119>の 218行目〜370行目あたりで処理している(?)ので
途中で ["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> を呼び出しているコモンは
["X[移]指定キャラHP/SP回復表示"] <コモンEv 97> または ["X[移]指定キャラ状態付与表示"] <コモンEv 98>
だと思います。
改造したコモンでポップアップ表示(コモンEv 97,98)を使用しないのであれば
["X[移]キャラクター欄_座標算出"] <コモンEv 91> だけ実行しても解決すると思います。