動物公園「ふれあいもふもふ村」で暮らすニワトリのもふ雄たちは、村を訪れる予定の飼い主の父親をもてなすためのプレゼントを作るため、工房に行く。
しかし、その工房の様子がおかしい上に、連れ添った人たちが謎の集団に連れ去られる。
人たちを助けるため、多彩な動物たちと出会いながら様々な困難とミニゲームが待ち構えるステージの数々を進む、もふ雄たちの新しい冒険が始まる。