ここは、科学と魔法が共存する世界。
この世界には、魔力を持つ機械生命体「マジカロイド」が存在する。
そのマジカロイドである主人公は「第二幕」で謎のマジカロイド「ゼフォル」の手により
暴走した仲間達を助け遂に故郷にたどり着く。
しかしそこはゼフォルにより荒廃し、キャノも倒される。
ゼフォルの非道な行いに怒りを露わにする主人公だが、
戦闘中突然ゼフォルの様子がおかしくなり、ゲームの空間に穴を開けるが、
その力に耐えきれずゼフォルは消滅、しかも助けに入ったキランが異空間に吸い込まれてしまう。
主人公達はキランを助けるため、異空間に飛び込む。そこに広がっていた景色とは。
※このゲームをプレイする前に、「第二幕」のストーリーを中盤（パーティが５体になる）まで
進めることをお勧めします。
そして「第一幕」同様暴力的な描写やグロテスクなシーンはありませんが、
マニアックなネタ、メタフィクション発言等の要素があります。